Tak jak w przypadku roślin czy grzybów, również w odniesieniu do zwierząt ich występowanie w dużej mierze zależy od obecności preferowanych przez nie specyficznych warunków siedliskowych. Dlatego też podczas lustracji w terenie przed realizacją wszelkich zabiegów gospodarczych należy zwracać uwagę nie tylko na występowanie osobników chronionych gatunków zwierząt, ale także dogodnych dla nich siedlisk. Dotyczy to zwłaszcza gatunków szczególnie rzadkich – w ich przypadku należy dołożyć wszelkich starań, aby stan ich siedlisk nie ulegał pogorszeniu. Będzie to wymagało niekiedy wstrzymania się z planowanymi pracami w niektórych fragmentach drzewostanów lub ich modyfikacji, w innych zaś przypadkach może wymagać podjęcia specjalnych dodatkowych czynności, jak np. wywieszenie budek dla nietoperzy lub pilchowatych.

Owady i mięczaki

Owady stanowią najliczniejszą, a zarazem najmniej zbadaną gromadę zwierząt. Na podstawie dostępnych danych na gruntach Nadleśnictwa Jędrzejów stwierdzono występowanie co najmniej 17 gatunków chronionych owadów. Ponadto niektóre biegacze i tęczniki oznaczono do rodzaju, dlatego liczba ta może być większa. 5 gatunków znajduje się w załączniku II Dyrektywy Siedliskowej, a 8 na Polskiej Czerwonej Liście Zwierząt. Ponadto na gruntach Nadleśnictwa odnotowano występowanie obecnie nie chronionych, jednak stosunkowo rzadkich i wpisanych na Polską Czerwoną Listę Zwierząt owadów: borodzieja próchnika i pazia królowej (na podstawie poprzedniej edycji POP) oraz rączycy wielkiej (na podstawie inwentaryzacji rezerwatu Wzgórza Sobkowskie – w pododdziale 105B j).

Na gruntach Nadleśnictwa stwierdzono także występowanie 5 gatunków chronionych mięczaków. Wszystkie znajdują się w załączniku II Dyrektywy Siedliskowej, a 3 także na Polskiej Czerwonej Liście Zwierząt. Są to niewielkie ślimaki związane z rożnego rodzaju roślinnością zielną wilgotnych łąk, terenów podmokłych i bagiennych oraz brzegów zbiorników wodnych.

Ryby

Rzeki znajdujące się na gruntach Nadleśnictwa Jędrzejów są miejscem występowania  1 chronionego gatunku ryby – minoga strumieniowego. Należy przy tym zaznaczyć, że został on w niniejszym opracowaniu zakwalifikowany do ryb jako tradycyjnie ujmowanej grupy kręgowców wodnych oddychających skrzelami i poruszających się za pomocą płetw, gdyż w ujęciu systematycznym nie należy on do ryb właściwych lecz bezżuchwowców. Minóg strumieniowy znajduje się w Załączniku II Dyrektywy Siedliskowej oraz na Polskiej Czerwonej Liście Zwierząt.

Płazy

Na podstawie zgromadzonych danych w poniższej tabeli zamieszczono 13 gatunków płazów chronionych, wśród których 2 znajdują się w załączniku II Dyrektywy Siedliskowej i jednocześnie na Polskiej Czerwonej Liście Zwierząt.

Gady

Na gruntach Nadleśnictwa Jędrzejów stwierdzono występowanie 5 gatunków chronionych gadów. Są to gatunki często spotykane w całym kraju.

Ptaki

Na podstawie dostępnych danych stwierdza się, że w zasięgu terytorialnym Nadleśnictwa Jędrzejów zaobserwowano 188 gatunków ptaków. Z tego prawną ochroną gatunkową objęte są 176 gatunki, zaś pozostałych 12 znajduje się na liście zwierząt łownych. 46 gatunków zostało wymienionych w załączniku I Dyrektywy 2009/147/WE Parlamentu Europejskiego i Rady z dnia 30 listopada 2009 r. w sprawie ochrony dzikiego ptactwa (w pierwotnej wersji Dyrektywa Rady Unii Europejskiej 79/409/EWG z dnia 2 kwietnia 1979 roku w sprawie ochrony dzikich ptaków). 35 gatunków jest według Czerwonej listy ptaków Polski w różnym stopniu zagrożonych wyginięciem. Wszystkie ptaki objęte prawną ochroną gatunkową zgodnie z Art. 52 ust. 5 Ustawy o ochronie przyrody nie podlegają odstępstwu o którym mowa w § 9 pkt 8 rozporządzenia w sprawie ochrony gatunkowej zwierząt (tj. odstępstwu związanemu z prowadzeniem gospodarki leśnej). W zasięgu terytorialnym zaobserwowano 4 gatunki (bielik, bocian czarny, orlik krzykliwy, rybołów), które wymagają utworzenia stref ochronnych wokół gniazd, z których bocian czarny i bielik posiadają na terenie Nadleśnictwa strefy ochronne. W przypadku dwóch pozostałych gatunków aktualnie nie jest znana lokalizacja ich gniazd, pozwalająca na utworzenie stref ochrony. Zasadniczo wszystkie gatunki ptaków stanowią rodzimy element awifauny krajowej, choć niektóre z nich są jedynie ptakami przelotnymi lub zimującymi. Wyjątkiem jest tu tylko bażant, który został introdukowany oraz sierpówka, która pierwotnie zamieszkiwała południową Azję i dotarła do Polski w latach 40-tych ubiegłego wieku. Niektóre dane o zaobserwowanych ptakach pochodzą z inwentaryzacji wykonanych w stosunkowo odległym już terminie i wymagają aktualizacji. Ptaki są dobrym wskaźnikiem stanu ekosystemów oraz różnorodności biologicznej, a ich duża liczebność świadczy o dobrej kondycji całej przyrody.

Na terenie Nadleśnictwa Jędrzejów funkcjonują 3 strefy ochrony ostoi ptaków o łącznej powierzchni 166,03 ha.

• Strefa bielika (Haliaeetus albicilla) zasotała ustanowiona na mocy Decyzji Wojewody Świętokrzyskiego ŚR.IV.6631-89/06 z dnia 16.11.2006r

• Strefa bociana czarnego (Ciconia nigra) została utworzona Decyzją Regionalnego Dyrektora Ochrony Środowiska w Kielcach z dnia 26 września 2018 r. (WPN.I.6442.5.2018.AK)

• Strefa bielika (Haliaeetus albicilla) została utworzona Decyzją Regionalnego Dyrektora Ochrony Środowiska w Kielcach z dnia 22 lipca 2022 r. (WPN.I.6442.2.2022.AK)